一番の大きな違いは、ご本人が自ら後見人を選ぶか、裁判所が選任するかにあります。法定後見制度でも、申立の時点で後見人候補者を上げることはできますが、裁判所は必ずしもその意向に拘束されません。
また、任意後見契約の場合、契約ですのでどのような行為をどの範囲依頼するのかも自由に設計することができます。しかし、任意後見契約では契約時点で契約内容を理解できる程度の判断能力が必要になりますので、もともと知的障害があったり、かなり認知症が進んでしまっているような事案の場合、法定後見制度を選択することになると思われます。
他方で、法定後見制度の後見人には法律上、包括的な代理権が与えられます。ご本人が認知症によって浪費行動や消費者被害に何度もあってしまうなどの事情がある場合には、任意後見から法定後見に変更した方が良いこともあります。